由于周恩来、朱德、王稼祥等同志的坚持，毛泽东担任了红一方面军总政委。但是，没过多久，处于后方的临时中央局、苏区中央局，与处在前线的周、毛、朱、王，在如何威胁南昌的作战方针上形成了对立的看法。周、毛、朱、王认为应集中力量机动地选择敌之弱点，打击消灭其一部，各个击破敌人，不同意分散与持久硬打。这一来，前方和后方的矛盾迅速激化，种下了宁都会议的种子。
宁都会议上，对立的双方展开激烈的争论。当多数人把矛头突出指向毛泽东，提出要把毛泽东召回后方，专负中央政府工作的责任，而由周恩来负战争的总责时，周恩来略加思索，然后起身说：
“前方同志在会议前与发言中确有以准备为中心的观念，泽东表现最多，对中央电示迅速击破一面开始不同意，有等待倾向。”在座的博古等“左”派领导人满意地点点头。
谁知周恩来话锋一转说：“但我不同意把毛泽东召回后方的意见。泽东积年的经验多偏于作战，他的兴趣亦在主持战争”，“如果在前方可吸引他贡献不少意见，对战争有帮助”。
看看四周流露出的不满神情，周恩来补充说道：“我提出两个办法供大家选择：一种是由我负主持战争全责，泽东仍留前方助理；另一种是泽东负指挥战争全责，我负责监督行动方针的执行。”
但是会上除王稼祥坚持留下毛泽东外，多数人认为毛泽东“承认与了解错误不够，如他主持战争，在政治与行动方针上容易发生错误”。结果通过了周恩来的第一种意见，并批准毛泽东暂时请病假，必要时到前方。
尽管会上周恩来说了一些批评毛泽东的话，但苏区中央局的一些人仍对周恩来不满意，并告到临时中央，抱怨他在会上“不给泽东错误以明确的批评，反而有些地方替他解释掩护”，认为他“在斗争上是调和的，是模糊了已经展开了的斗争战线”。周恩来在给中央的电报中说：“在会议中我对毛泽东同志的批评是采取了温和态度”，“另外却指出了后方同志对他的过分批评”。此后他对毛泽东仍很敬重。
毛泽东被剥夺军权后，在第四次反“围剿”战争中，周恩来一直同朱德一起置身前线。他们运用和发展以往反“围剿”的成功经验，从实际出发，首次创造了大规模的大兵团伏击歼灭战的宝贵经验。即根据敌情的变化而灵活运用兵力，用佯攻或伪装主力转移来迷惑并调动敌人，将大兵团兵力秘密集结起来，选择有利地形，出其不意地向敌军一部发动猛烈攻击，迅速击破或消灭其一翼。这种大兵团伏击歼灭战的胜利，在红军历史上还未有过。
第四次反“围剿”胜利后，中央红军发展到10万人，缴获了大批新式武器，红军的武器装备得到较大的改善，连队还装配了当时还不多见的轻机关枪。中央革命根据地同闽浙赣革命根据地也连成一片。
第四次反“围剿”战争进行当中，原在上海的临时中央因处境日益恶劣而于1933年1月17日决定迁来中央苏区。2、3月间，临时中央负责人博古等到达中央苏区。博古一到，立刻把中央苏区的党、政、军权全部抓到自己手里。不久，周恩来的苏区中央局书记的名义也不复存在。9月，共产国际又向苏区派来军事顾问李德。博古虽是中央主要负责人，但他不懂军事，就把红军的指挥大权交给李德。李德既不懂中国国情，作风又专断，事实上成为党内的“太上皇”。在这种情况下，周恩来处境的困难可想而知。他虽身在前线，但对重大军事行动的指挥权已被剥夺，只能提出建议，而这些建议又往往不被采纳。
当这年11月李济深、陈铭枢和十九路军将领发动福建事变，成立中华共和国人民革命政府时，周恩来曾向中共中央局提出支援福建事变的军事行动计划，但未被采纳，而且中共中央局对福建人民政府完全抱不信任的态度，称“以十九路军和陈铭枢、李济深辈在福建所组织的‘人民政府’也是反动统治的一种新的欺骗”。1934年1月4日，周恩来等被从前线调回瑞金。这样，他对前线部队的指挥权实际上被剥夺了。
4月10日，博古和李德亲自出马，到前线调集红军主力一、三、九军团的9个师坚守广昌，与有着优势兵力和良好武器装备的敌人进行“决战”。4月31日广昌失守。在此过程中，留在后方的周恩来虽不能参与重大决策，但仍积极向中央建议。当时担任李德翻译的伍修权说：周恩来“曾经与李德进行过多次争论，表示不同意李德的某些军事主张和作战方案。特别在如何使用兵力的问题上，李德强调所谓‘正规军’打‘阵地战’，用红军的‘多路分兵’对付敌人的‘多路进击’；周恩来同志主张集中兵力于一个方向，其他方向则部署牵制力量，使红军保持相对优势和机动兵力，以粉碎敌人的进攻。但是，李德拒不接受周恩来的正确建议，使分兵把口的红军被敌人的强大兵力各个击破”。
从宁都会议前夕前方同后方的争执、第四次反“围剿”战争大兵团伏击歼灭战的胜利，直到第五次反“围剿”期间周恩来同李德间发生的多次争论，可以看到一条清晰脉络：周恩来的军事思想在许多地方同毛泽东的军事思想有相通之处，而同“左”倾领导者是对立的。他俩都主张集中优势兵力，在运动中创造战机，发现并抓住敌人的弱点，各个击破，加以歼灭之。
毛泽东在长征路上也常常与周恩来一起讨论军事行动问题，不仅是看重周恩来在中央政治局中具有举足轻重的地位，取得周恩来的支持至关重要，而且也深深了解周恩来在“左”的领导集团的夹缝中的苦衷。
毛泽东还找政治局和军委其他同志谈，如朱德、刘伯承、彭德怀等。他们原来对毛泽东比较了解，有较长时间合作共事的历史，对毛泽东深为敬佩，本来就支持他的观点和主张。通过交谈，他们对毛泽东的军事思想有了更多的了解。
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